Pelicula basa en un anime Gunnm un medico de ciborgs encuentra a Alita en el deshuesadero y le devuelve la vida cuando esta despierta no recuerda nada solo que esta en Iron City una ciudad donde los fuertes se aprovechan de los débiles, Alita antes de perder la memoria era alguien muy importante pero aun no lo sabe por los que un grupo de mercenarios la están buscando.